En 1997, Zia Chishti y Kelsey Wirth dos estudiantes de la Universidad de Stanford, basándose en los principios de Kesling, pensaron en realizar ligeros movimientos dentales progresivamente mediante una serie de alineadores de poliuretano removibles, con la ayuda de la informática. En agosto recibieron 2.2 millones de dólares de financiación y fundaron Align Techonology, Inc. (Santa Clara, California).

En septiembre del año 1998 recibieron la autorización de la Federación Dental Americana (FDA) para comercializar el sistema. Contaban con 25 empleados, 100 pacientes en tratamiento y tenían la capacidad de tratar nuevo paciente por día.

No fue hasta 1999, cuando el sistema Invisalign® se introdujo en una reunión de ortodoncistas y comenzaron su distribución en julio los Estados Unidos (EEUU).

La primera publicación científica data del año 2000 coincidiendo con su primera campaña nacional de publicidad hacia el consumidor.

Align abrió sus operaciones en Costa Rica en el 2001. Actualmente cuenta con más de 2,000 empleados en sus edificios en Global Park y Ultra Park.

En verano de 2001, Invisalign se introduce en Europa, lanzando la primera fase de su expansión internacional. A finales de 2001, Align ya había fabricado un millón de alineadores. Se lanza la oferta pública inicial en Nasdaq (ALGN).

En 2002, Invisalign se lanza al mercado de los dentistas generales. A finales de año, introduce la fabricación mediante tomografía computerizada (CT).

En 2003, la facultad de odontología de la Universidad de New York (NYU) incluye a Invisalign en su temario. En septiembre de ese mismo año, traslada la fabricación de los alineadores a Juarez.

En 2005, Align aterriza en Japón e introduce Invisalign Express (no disponible en España), una alternativa a menor precio para tratamientos más sencillos. En septiembre ya habían fabricado 15 millones de alineadores.

En 2006 se publica el primer libro sobre Invisalign.

En 2007, Align establece empresas colaboradoras para la distribución en Asia y Latinoamérica. En octubre habían alcanzado 30 millones de alineadores, en noviembre lanzan los retenedores Vivera® y en diciembre obtienen 1 billon de dólares en beneficios acumulados ($1 billion in cumulative net revenue).

En 2008, Align lanza dos nuevas opciones de tratamiento: Invisalign Teen para el tratamiento en adolescentes e Invisalign Assist (no disponible en España) con soporte adicional para los doctores.

En abril de 2009 se trata el paciente 1 millón. En septiembre aparece Invisalign 1.5 con las características SmartForce.

En marzo de 2010 Align introduce Invisalign Lite en el mercado internacional. En agosto lanza el mayor conjunto de nuevas características hasta la fecha, Invisalign G3. Ese mismo año, añade un distribuidor para los pequeños países de Europa, el Medio Este y África.

En 2011, Align adquiere Cadent Holdings, Inc., la compañía propietaria del escáner intraoral iTero™ y de los sistemas iOC™ y OrthoCAD. En mayo Align se introduce en la República de China. A finales de año se lanza Invisalign G4.

En 2012, aparece Invisalign Express 5 (no disponible en España). En noviembre se alcanza la cifra de 2 millones de pacientes.

En 2013 se estrena un nuevo material para los alineadores, SmartTrack, junto con el nuevo iTero™ que incluye el software Invisalign Outcome Simulator. En mayo adquiero el distribuidor de Asia Pacífico.

En 2014 lanza Invisalign G5, un conjunto de nuevas características para el tratamiento de la sobremordida, junto con el nuevo ClinCheck Pro. Align lanza un piloto en España para externalizar la formación. Continua con su política de adquisiciones de distribuidores, en este caso, EMEA.

En 2015 es el turno de Invisalign G6, una nueva solución para los tratamientos de extracciones de primeros premolares con máximo anclaje. En marzo, el anuncio del nuevo iTero™ Element coincide con el tercer millón de pacientes tratados.

En febrero del 2016 continua su expansión en llegando ahora a India.

En julio 2016, Align Technology compra el 19% de Smile Direct Club y se convierte en el sumistrador de material (EX30) para esta empresa, introduciéndose así en el mercado de los sistemas de ortodoncia de “hazlo tu mismo” a domicilio.

En septiembre de 2016 se alcanza el paciente número 4 millones.

En octubre de 2016 se introduce el cambio semanal de alineadores (one week wear) y el Invisalign G7, un conjunto de características para mejorar el acabado y terminación. El software del iTero se actualiza a la versión 1.4

En febrero de 2017 Invisalign adquiere oficialmente al distribuidor en Brasil comenzando su inclusión en el continente sudamericano.

En marzo del 2017 se celebra 1 millón de escáneres iTero realizados junto con un millón de pacientes adolescentes tratados con el lanzamiento del avance mandibular con Invisalign (ITMA)

En junio de 2017 abre unas nuevas instalaciones para la planificación de los tratamientos en China, comenzando así la descentralización de la sede de Costa Rica.

En noviembre de 2017 se alcanza el paciente número 5 millones.

El primer cambio que introduce Invisalign en el 2018, el primer día de enero, es un nuevo diseño del Invisalign Doctor Site (IDS).